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La Ecología Marina es la ciencia que estudia las relaciones de los seres vivos que habitan la mar entre sí y con su entorno. Es por tanto una disciplina de mayor amplitud que la biología pesquera, ya que estudia los procesos que ocurren en la mar, entre ellos los relacionados con las actividades humanas, atendiendo a todos sus componentes y dentro de un contexto de ecosistema.
La filosofía de trabajo del Instituto Español de Oceanografía y su función de asesoría en temas pesqueros, determina la necesidad de abordar estas labores desde un punto de vista más amplio. El estudio de la dinámica de poblaciones sometidas a explotación comercial no es abordable sin tener en cuenta factores como los procesos de producción, el enlace entre la producción planctónica pelágica y las comunidades ligadas al fondo, y finalmente las relaciones interespecíficas, especialmente las relaciones predador-presa.
Para su estudio desde un punto de vista ecológico, el medio marino se ha dividido respecto a un criterio de las diferentes características ambientales de la columna de agua ya que esto condiciona su particular dinámica. El dominio pelágico hace referencia a las capas superficiales y subsuperficiales bien iluminadas de la columna de agua y los organismos que viven en ella. Los seres vivos que habitan el dominio pelágico siguen un modo de vida planctónico o nectónico, haciendo referencia a su capacidad de natación. Sobre el fondo marino habitan, los organismos que conforman el dominio bentónico. Algunas especies bentónicas de mayor tamaño y autonomía del fondo se denominan especies demersales.
Los objetivos principales de este área en el Centro Oceanográfico de Santander son comprender el funcionamiento del ecosistema marino del mar Cantábrico y determinar como los procesos físicos y biológicos afectan a la producción de especies comerciales. Al mismo tiempo se estudian como afectan las actividades extractivas sobre la dinámica del ecosistema. En el laboratorio de Santander existen equipos de investigación dedicados al estudios de ecología planctónica, de ecología demersal y bentónica y de ecología trófica.
Los estudios de Ecología planctónica del IEO de Santander se centran en el primer nivel de la cadena trófica pelágica (microalgas marinas o fitoplancton) y la relación de su variabilidad con los factores físicos. Estos estudios son llevados a cabo con técnicas de teledetección que presentan bases de datos diarias, de gran resolución espacial (hasta 290 x 260m con MERIS) y cobertura global. Se analiza la relación de la concentración de fitoplancton (sensores CZCS, SeaWiFS, MODIS y MERIS) con la distribuciones de temperatura (sensores AVHRR y AATSR) y de corrientes superficiales (sensores altimétricos) en el Golfo de Vizcaya, el Atlántico Subtropical y las regiones Árticas y Antárticas.
Dentro de las comunidades bentónicas, los diferentes modelos de vida determinan sistemas de adaptaciones y relaciones con el medio particulares. La fauna epibentónica es aquella que vive sobre la superficie del fondo, la fauna endobentónica o infauna vive enterrada en la arena o fango, mientras que la fauna suprabentónica, principalmente crustáceos, vive en los primeros metros de agua sobre el fondo.
En las nuevas tendencias de asesoramiento de la actividad pesquera, principalmente mediante modelos trofodinámicos, es imprescindible la información sobre todo el conjunto de grupos tróficos (que constituyen la red alimentaria), no sólo aquellos de interés comercial. El equipo de Ecología demersal y bentónica del laboratorio de Santander aborda el asesoramiento científico a través de estudios de comunidades, en estrecha colaboración con el equipo de Ecología Trófica, los equipos de bentologos, geólogos, físicos y químicos de otros centros del IEO, y el equipo de Seguimiento de la Actividad Pesquera.

En el Laboratorio del IEO de Santander se estudian los hábitos alimenticios de los peces demersales sometidos a la presión pesquera, y se busca información nueva para contribuir a una mejor evaluación de las especies comerciales; por lo que uno de los principales objetivos es abordar la estimación cuantitativa de las dietas y de las relaciones tróficas mediante la estimación del consumo.
Por otra parte se estudia la ecología alimenticia de los peces en el Cantábrico, con el propósito de contribuir al conocimiento y la gestión del ecosistema, para posibilitar la construcción de modelos que reflejen el funcionamiento del sistema. Para ello se trabaja en la definición del nivel trófico de cada especie que refleja su posición en una red trófica, y permiten su clasificación en grupos tróficos funcionales para desarrollar las matrices de alimentación utilizadas en los modelos trofodinámicos.
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